این بنا با گنبد مرتفع واقع در جنب بقعه ی دوازده امام در محله ی فهادان دارای نمای ساده و درب ورودی کوتاه است، اما وقتی وارد صحن شوید بنای تاریخی با عظمتی از دوره مغول در برابر شماست. گنبد این بنا که از پای تا سر از خشت خام ساخته شده، دارای تزیینات و آرایش گچبری نقاشی با آبرنگ طلایی و لاجوردی بوده که در حال حاضر قسمت هایی از آن بر روی گچ سفید باقی است.

اندازه طول هر یک از اضلاع چهار دیوار گنبد ۸/۸ متر، ارتفاع بقعه ۱۸ متر و فاصله ی دهنه ی آن ۵/۹ متر است. متاسفانه از کتیبه های چهار دیوار داخل گنبد اثر چندانی باقی نمانده است. و لیکن خطوط آن کوفی بوده و نظیر کارهای گنبد هشت، مدرسه شاه کمالیه و بقعه ی فهادان است. شبستان مدرسه دارای محراب بوده و در اطراف صحن مدرسه رواق هایی ساخته شده که ضلع غربی آن دارای رواق بزرگتر و محراب گچی است. همچنین در میان صحن پایابی با ۳۸ پله به عمق ۲/۸ متر از سطح زمین برای دسترسی به آب، بنا گردیده است.

معماری مدرسه ی ضیائیه را می توان از خصوصیات عصر مغولی قلمداد کرد. در این بنا هیچ گونه تزیینات کاشی کاری به چشم نمی خورد و تنها آثار بر جای مانده آن خشت خام بوده که این بنا را تاکنون بر پا نگاه داشته است.نمایی از زیر گنبد خانه و جزییات مربوط به آن در رابطه با شهرت این مدرسه به زندان اسکندر باید گفت علاوه بر روایت هایی چون گسیل گروهی از تبعیدیان اسکندر به یزد، عوامل دیگری چون ویژگی های اقلیمی، دور دستی و دور افتادگی یزد از مراکز بزرگ و پر رفت و آمد در گذشته موجبات روانی و تقویت این شهرت را فراهم آورده اند. این میراث زیبا در حال حاظر دارای گنبد خانه به ارتفاع 18 متر که در قسمت بالا و دور تا دور گنبد خانه با خط کوفی تزینی آیه الکرسی مزین گردیده است ، شبستان و پایابی به ارتفاع 10 متر می باشد که روزگاری حیات انسانها در آن جاری بوده است .