اين کليسا به نامهای سن سور و آمنا پرکيچ نيز ناميده می شود بزرگترين کليسای جلفا است. اين کليسای با شکوه در سال 1015 هجری قمری برابر 1605 ميلادی در اراضی باغ زرشک احداث شد و پس از 50 سال در سال 1065 هجری قمری برابر 1655 ميلادی توسعه يافت و به صورت امروز در آمد. اين کليسا دارای گنبدی عظيم و ديوارهای رفيع و طاقهای بلند و زيباست که در حال حاضر محل اقامت خليفه ارامنه ايران و هندوستان می باشد. نماز خانه اصلی کليسا که به شکل متوازی الاضلاع است شامل دو قسمت چهارگوش است که قسمت اول شبستان بنا و قسمت دوم که زير گنبد خانه است محل اجرای مراسم و سرودهای مذهبی است. ازاره های ديوارهای نماز خانه را کاشی های خشتی چند رنگ فرا گرفته است. در قسمتهای بالای ازاره تصاويربسيار زيبائی نقاشی شده اند که از کتب مقدس الهام گرفته شده و تمامی سطح فضای گنبدرا تزئين کرده است. دور تا دور گنبد داستان خلقت آدم و حوا است که بوسيله نقاشان ارمنی ترسيم شده اند. بر محراب بسيار زيبای کليسا نيز تصاويری از جمله تصوير حضرت مسيح (ع) نقاشی شده است. نمای خارجی گنبد کليسا بدون تزئينات کاشيکاری است و با آجر ساده پوشانده شده است. در گوشه حيات کليسا برج ناقوس زيبا و بزرگی ساخته شده که بر چهار ستون سنگی استوار است. در گوشه ديگری از اين حياط و روبروی برج ناقوس ستون بلندی از سنگ يادبود 1/5 ميليون نفر ارمنی ساخته شده که در سال 1915 ميلادی قتل عام شده اند. در صحن حياط کليسا چند نفر از ارامنه مشهور از جمله چند اسقف اعظم و نمايندگان سياسی کشورهای اروپايی که در اصفهان در گذشته اند به خاک سپرده شده اند. کليسای وانک دارای تأسيسات مختلفی مانند موزه و کتابخانه است. موزه کليسا در سال 1322 هجری قمری برابر با 1905 ميلادی ساخته شد. اشيائی که در سالن های آن به معرض تماشای بازديد کنندگان گذاشته شده اند شامل تابلوهای نقاشی کار نقاشان اروپائی است که به کليسا اهداء کرده اند. تعدادی کتب خطی نفيس نيز در اين موزه نگهداری می شوند. از جمله مجموعه های نفيس اين موزه فرامينی است که در طول تاريخ صفويه به بعد سلاطين و حکام ايران درباره ارامنه صادر کرده اند. اين فرامين از نظر بررسی تاريخ ارامنه بسيار مهم و قابل ملاحظه بوده و در عداد منابع قابل اعتماد به شمار می روند. از ديگر تأسيسات کليسا چاپخانه است. اين چاپخانه که به سعی و کوشش و ابتکار پيشوای ارامنه آن روزگار به نام خاچاطور کساراتسی GZARATSSYدر جلفا تأسيس شده بود در سال 1636 ميلادی به عنوان اولين چاپخانه شروع به کار کرد و نخستين کتابی که به وسيله آن به چاپ رسيد زبور داوود بود که از اين کتاب فقط يک نسخه در دنيا موجود است و آن نيز در شهر آکسفورد انگلستان نگهداری می شود. تصوير اين کتاب در موزه کليسا در معرض بازديد عموم است.کتابخانه کليسای وانک نيز با 000/25 جلد کتاب به عنوان يکی از بهترين منابع مورد استفاده محققين و پژوهشگران ارمنی و ساير اديان قرار میگيرد.